Nach dem deutsch-dänischen Krieg 1864 wurde die
Religionsfreiheit in dieser Region wieder eingeführt. Im April 1864 wurde von der
preußischen Regierung der Armeevikar Rave als Pfarrer von Flensburg bestätigt. Im
September 1864 wurde daraufhin die Missionspfarrei Flensburg errichtet und im März
1866 konnte eine kleine katholische Kirche eingeweiht werden, die dann allerdings
gegen Ende des Jahrhunderts zu klein und abgerissen wurde. 1899/1900 wurde dann die
heutige St. Marien-Kirche gebaut und eingeweiht. Die Konsekration (Übergabe einer
Sache in den sakralen Bereich) fand im September 1912 statt.
Die 3 Bronzeglocken (f' - g' - b') stammen aus den Jahren 1967/68 und wurden von
der Firma F. Otto in Hemelingen gefertigt.